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“南宫玉道：“我好奇的是汪直一个汉人怎么能让那么多倭寇俯首称臣。”戚继光道：“汪直具有商人的精明，又有枭雄的野心，而东瀛只是给他一个机会罢了。如今他的势力比任何一家东瀛大名都要强大，就连丰臣秀吉都让他三分。
南宫玉道：“丰臣秀吉一心想侵我中华，他为何没有和汪直合作，这样倭寇的势力不是更大了么？”戚继光道：“王爷说的不错，他们二人的野心虽然都很大，汪直只是想称霸海上，做一方枭雄，丰臣秀吉却想吞并我中土，二人志向不同，所以是不会联手的。末将最新得到的战报，丰臣秀吉的军队已经占领了朝鲜，朝鲜王已向我大明求救，朝鲜一亡，紧接着就会进攻我国东北。”南宫玉道：“没想到琉球和朝鲜如此不堪一击，朝鲜与我国相壤，不得不救。”戚继光道：“末将猜测皇上应该打算先打倭寇，再救朝鲜，毕竟要先扫清自己家门前的事。”
南宫玉道：“皇上的旨意是反击东瀛，进攻东瀛本土。不知我们该如何行动？”戚继光道：“首先我们要收复台州和宁波府，然后进攻倭寇本部，也就是原来的琉球国。”南宫玉道：“就依戚将军。”
战争进行的很顺利，倭寇其实只是一群东瀛浪人组成的游勇，缺乏组织和训练，平时欺负老百姓如鱼得水，真打起打仗来当然不如大明官兵。这些日子，南宫玉得到情报，东厂和锦衣卫已攻破了通天帮总坛，沈俊和谭勉同归于尽，司徒雄不知所踪。南宫玉和庞明阳知道后伤心难过了很久，但沈俊也总算也得偿所愿，为父报仇。
失地收复后，南宫玉和戚继光率领战船进攻倭寇本部，在一次夜袭中，南宫玉和一干江湖高手中了暗算，被汪直俘虏。在监牢中遇见了司徒雄，原来司徒雄因不与东瀛合作，已提前被抓回了东瀛，逼他传授东瀛武士武功。周子通的武功不但可以吸收内力，也可以传输内力，他联合周子通都将内力传输给了南宫玉，希望南宫玉能够逃生。
在准备逃跑的当天晚上，甜儿来释放了南宫玉。原来甜儿已成了汪直最宠的爱妾，上次南宫玉去东瀛时，严刚在船上说的原来是“甜儿也在。”
南宫玉被甜儿放走，却没有跟他一起走，她对汪直也生出了真感情。南宫玉回去后发现出卖他们的人是东方素，而东方素的真实身份是东瀛“伊贺谷”的组长，连秀子都是他的手下，在少林寺偷袭他的人也是他。杨义堂发疯杀人也是他用笛声操纵的。东方素知已无法隐瞒，索性和南宫玉交手。如今南宫玉已获得了司徒雄和周子通两人的内力，就连东方素也不是对手，被击败后关押了起来。
过了一段时日，公孙大娘忽然找上门来，求南宫玉放了东方素。南宫玉这才得知公孙大娘其实就是自己的母亲，但是她有双面性格，在西域时是另外冷酷的一面。她和南宫策的结合只是一个偶然，她怀上南宫玉后就交给了南宫家，她继承了神针门的门主后就没有和南宫策再有往来，反而和东方素相好，也知道了他的秘密，所以她和东瀛也算有着千丝万缕的关系。南宫玉并没有答应她的要求，就算是母亲也不能让他因私废公，公孙大娘只好黯然离开。
此时朱厚熜也生了重病，那是长期服用丹药所致，就算是南宫玉的‘火龙之气’也不能让他好转，可朱厚熜仍然让他挥军朝鲜，抵御倭寇。
南宫玉再次出征，率领大军前往朝鲜。经过长期的交战，大明军队最终战胜东瀛，最后双方谈判议和，交换俘虏，丰臣秀吉要求换回东方素的尸体，南宫玉在成殓尸体的棺材里放了唐门制作的炸药，炸死了丰臣秀吉，情愿不要俘虏也要炸死丰臣秀吉。
战争胜利后，南宫玉带兵返朝，解决了倭寇之患。这一天早朝时，德川秀忠代表东瀛前来向大明朝修好。原来丰臣秀吉的继承者德川家康不愿再和大明为敌，不但送回来了周子通等人质，还送还了所有的大明奴隶，只求两国交好。南宫玉虽然允诺，但他明白一个道理，那就是无论东瀛谁当权，他们的最终目的还是侵略中华，和平只不过是缓兵之计罢了。东瀛人的武士道精神注定他是好战的民族，而且只服强者，只有在武力上击败他们才能让他们畏惧尊敬，所以南宫玉竟不顾俘虏的死活，炸死了丰臣秀吉。
朱厚熜的病越来越重，而朱载垕已然病死。百官请求朱厚熜乔迁新建好的宫殿，而海瑞的一封反对的奏疏让朱厚熜勃然大怒，将海瑞打进了死囚牢。海琼前去求南宫玉救他哥哥，其实南宫玉早求过了朱厚熜，但朱厚熜非杀海瑞不可。南宫玉为了海琼再次去求朱厚熜，朱厚熜告诉他只有皇帝才掌握着绝对的生杀大全，想要救海瑞就必须要成为这样的人，那就是皇帝。
南宫玉最终答应了朱厚熜，朱厚熜当即让刘瑾写下圣旨，让南宫玉成为了下一任皇帝。朱厚熜不久后驾崩，南宫玉登基成为了大明朝的皇帝。
三年后，朱俊来告诉南宫玉朱策无意中毒而死，不知凶手是谁，不过尸