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除了皇帝，别人是看不见的。可是在几天后的一次例行公文处理中，万历将批好的文件转交内阁，结果不留神，把这封密信也放了进去。这就好比拍好了照片存进电脑，又把电脑拿出去给人修，是个要命的事。文件转到内阁，这里是申时行的地盘，按说事情还能挽回，可问题在于申大人为避风头，当时还在请病假，负责工作的许国也没留意，顺手就转给了礼部。最后，它落在了礼部给事中罗大纮的手里。
罗大纮，江西吉水人。关于这个人，只用一句就能概括：一个称职的言官。看到申时行的密信后，罗大纮非常愤怒，因为除了耍两面派外，申时行在文中还写了这样一句话：“惟亲断亲裁，勿因小臣妨大典”。这句话说白了，就是你自己说了算，不要理会那些小臣。我们是小臣，你是大臣？！
此时申时行已经发现了密信外泄，他十分紧张，立刻找到了罗大纮的领导，礼部科给事中胡汝宁，让他去找罗大纮谈判。
可惜罗大纮先生不吃这一套，写了封奏疏，把这事给捅了出去，痛骂申时行两面派。
好戏就此开场，言官们义愤填膺。吏部给事中钟羽正、侯先春随即上疏，痛斥申时行；中书黄正宾等人也跟着凑热闹，骂申时行老滑头。
眼看申首辅吃亏，万历当即出手，把罗大纮赶回家当了老百姓，还罚了上疏言官的工资。
但事情闹到这个份儿上，已经无法收拾了。
经历过无数大风大浪的申时行，终究在阴沟里翻了船。自万历十年（1582）以来，他忍辱负重，上下协调，独撑大局，打落门牙往肚里吞，至今已整整十年。
现在，他再也支撑不下去了。万历十九年（1591）九月，申时行正式提出辞职，最终得到批准，回乡隐退。大乱就此开始。