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。术赤下令，全军坚守营寨，没有他的军令，任何人不得出战，打算稳扎稳打，先搭建浮桥、打造攻城器械，再寻机攻城；察合台则公然违抗军令，屡屡趁着夜色，私自率领小股骑兵偷袭城池，每次都因没有后援、准备不足，被城中守军打得大败而归，损兵折将。
两人不仅互不配合，还互相拆台。术赤调配攻城物资，察合台暗中截留；察合台出兵偷袭，术赤故意不派援兵；军中粮草分发、将士调遣，全因二人的矛盾陷入混乱。
城中的秃儿罕太后，通过斥候打探，得知蒙古大军内部兄弟阋墙、军令不一，顿时大喜过望，更加坚定了死守的决心。她不断派出小股精锐骑兵，深夜偷袭蒙古军营，烧毁粮草、斩杀哨兵、破坏攻城器械，搞得蒙古大军人心惶惶，将士疲惫不堪，士气一落千丈。
原本战力强悍的五万蒙古铁骑，因为两位主将的内斗，彻底陷入进退两难的僵局。围攻玉龙杰赤足足三月，蒙古大军死伤过万，却依旧寸步未进，连护城河都没能跨越，战事陷入彻底的停滞。
消息传回撒马尔罕，成吉思汗看着前线送来的战报，得知三个月未能拿下一座孤城，原因竟是自己的两个儿子内讧不休、互相拆台，甚至拿将士性命赌气，当即勃然大怒。
他猛地将战报摔在地上，一脚踹翻面前的沙盘，周身散发的怒意如同寒冰，席卷整个大汗行帐，帐内众将纷纷跪地，低头屏息，无人敢言语。
“逆子！两个逆子！”成吉思汗怒声咆哮，声音震得帐顶旌旗瑟瑟发抖，“大敌当前，不念兄弟情分，不顾西征大业，只知内斗私怨，葬送我蒙古万千将士的性命，简直是我黄金家族的耻辱！是整个蒙古的耻辱！”
耶律楚材连忙上前，躬身劝道：“大汗息怒，龙生九子，各有不同，术赤将军与察合台将军积怨已久，又无统一主帅节制，才酿成此祸。如今之计，唯有立刻派人前往前线，废除三人分权之制，任命一位主帅，总领全军，节制两位将军，统一军令，方能破局。”
成吉思汗深吸一口气，压下心中的滔天怒火，闭上双眼，片刻后再次睁眼，眼神已然恢复冷静。他清楚，三子之中，唯有窝阔台性情宽厚、处事公允，能让术赤、察合台二人信服，也只有他，能化解这场内讧。
“传朕军令！”成吉思汗沉声开口，声音带着不容置疑的威严，“任命窝阔台为围攻玉龙杰赤全军主帅，节制术赤、察合台及所有前线将士，军中一应事务，全由窝阔台决断！再有违抗军令、私自出战、内讧拆台者，无论皇子、将领，一律军法处置，斩立决！”
军令以八百里加急，快马加鞭送往玉龙杰赤前线。
窝阔台接到父汗的亲笔军令，看着军令上鲜红的玉玺印章，心中一凛，当即召集全军将士，在军前设立法台，当众宣读成吉思汗的诏令。
术赤与察合台站在阵前，听着父汗严厉的诏令，想到自己三月来的内讧，害死无数将士，心中皆是又惊又惧，再也不敢肆意争执，只能躬身跪地，齐声领命：“儿臣遵旨，听从三弟（主帅）调遣！”
窝阔台执掌全军主帅之位后，第一件事便是严明军纪，亲自拟定军规十条，传令全军：违抗军令者斩，内讧滋事者斩，劫掠扰民者斩，临阵退缩者斩，贻误战机者斩……十条军规，字字铁血，张贴在各营营帐前，震慑全军。
随后，他亲自前往术赤、察合台的营帐，分别与两位兄长促膝长谈，动之以情、晓之以理，劝说二人摒弃前嫌，以蒙古大业为重。
“大哥，我知道你想保全城池，为父汗、为百姓考虑；二哥，我知道你想彰显蒙古军威，速战速决。”窝阔台看着术赤，语气诚恳，“大哥放心，我定会尽量保全城池，不做无谓的屠戮；”他又转头看向察合台，“二哥，我也向你保证，此战必定全力破城，绝不姑息顽抗之敌，如今我们兄弟同心，才能拿下玉龙杰赤，不然，我们都无法向父汗交代，无法对得起死去的将士。”
术赤与察合台对视一眼，想起三月来的荒唐内斗，心中满是愧疚，终于放下彼此的恩怨，点头应允，愿意听从窝阔台调遣，合力攻城。
兄弟三人握手言和，窝阔台立刻召集众将，重新商议攻城之策，结合玉龙杰赤依河而建的地形，制定出周密的四面攻城计划：
其一，术赤率领一万五千兵马，前往阿姆河上游，砍伐周边林木，赶制浮桥、木筏，同时筑坝蓄水，截断城中水源，掌控阿姆河河道；
其二，察合台率领一万五千兵马，调配全军投石机、弓箭手，在城池东、南、北三面列阵，日夜不停向城中投掷巨石、发射箭矢，压制城楼上的守军，消磨其战力；
其三，窝阔台亲率一万兵马，作为中军预备队，随时支援三面战场，同时打造攻城云梯、冲车，准备总攻；
其四，待城中守军疲惫、水源断绝、军心大乱之际，全军发起总攻，术赤掘开河堤，引水