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死后，大子嬴驷继承君位，即历史上的秦惠王。
前面已经说过，秦惠王和商鞅之间，存在一段不愉快的经历。这件事情虽然已经过去很久，但一直深藏于秦惠王心中，从来没被放下。
关于这一点，商鞅无疑也是心知肚明的。经过一番思量后，他主动向秦惠王提出要告老还乡，要回到自己的封地去过太平日子。
和很多聪明一世糊涂一时的人一样，商鞅的如意算盘是，权力我不要了，但是富贵还是给我留着吧！
秦惠王差点就答应了他的请求，可就在这个时候，秦惠王的老师，当年被商鞅割了鼻子的那位公子虔出来说话了。
“大臣功高盖主，就会危害国家的安全。如今秦国的男女老少，只知道有商君的法律，不知道有国君的权威。商君早就凌驾于国君之上，成为秦国的主人了。他现在提出告老还乡，不过是以退为进，想回到自己的封地去积蓄力量，时机一到就会向您反扑。”
公子虔自从被割了鼻子，一度闭门不出，整整八年没有见客，后来找人装上一个面具才敢出门。他对商鞅的恨，可以说是恨到骨子里头了，现在终于守得云开见日出，自然不遗余力要把商鞅往死里整。
秦惠王的另一位老师，被商鞅判了黥刑的公孙贾也不失时机地跳出来，向秦惠王提供了一些商鞅要谋反的“证据”。
在两位老师的轮番轰炸下，秦惠王很快发出了一道逮捕商鞅的密令。当然，卫士们从宫中出发前往商君府的时候，商鞅已经得到了情报。他换上一身平民的衣服，从自家的后门溜出来，迅速离开了咸阳，取小路直奔自己的封地于商。
他心里想，凭借着于商十五邑的武装力量，应该可以与秦国军队一战吧！
商鞅日夜兼程，途经蓝田的一个小镇的时候，又累又饿，于是找到镇上唯一一家客栈投宿。
“你是谁？从哪里来？到哪里去？”
客栈老板一连问了他三个问题（这三个问题足够让康德、黑格尔们思考一辈子），商鞅早有准备，报上一个假名字，说自己打咸阳来，要去商城走亲戚。
老板费劲地登记完这些信息，把手一摊：“拿来！”
“什么？”商鞅愣了一下。
“介绍信啊！”老板白了他一眼。
“什么介绍信？”商鞅有点紧张了，从包裹里掏出十几个铜钱，要塞给老板。
老板连连摆手：“你究竟是真不明白还是假不明白？商君早就颁布了法令，没有官府开具的介绍信，一律不准住店。我要是收留了你，我就得坐牢了！”
“啊？”商鞅使劲拍了拍自己的脑袋，颓然走出了客栈。走到没人的地方，不觉长叹了一声，自言自语道：“没想到这商君的新法，是这么害人啊！”
成语“作法自毙”即出自于此。
商鞅回到于商不久，秦惠王的大军也就到了。如前所述，商鞅长于政治，对打仗却并不十分在行，再加上力量对比悬殊，很快败下阵来。
此后他带着族人仓皇出逃，一度想投奔魏国。但是魏国人记恨他欺骗公子卬，以卑鄙的手段赢得河东之战，又将他们赶回了秦国。
最终，商鞅在彤地（今陕西省华县）被秦军杀死。他的尸体被拉回咸阳，处以车裂之刑。但是秦惠王仍感到不解恨，又将商鞅的族人全部处死。
这也就是所谓的灭九族了。
秦国的旧贵族们欢欣鼓舞，额手称庆，以为这下要变天了。但是耐人寻味的是，秦惠王杀掉商鞅之后，却没有对商鞅颁布的法令作任何的更改。
山还是那座山，梁还是那道梁，秦国还是那个秦国，商君之法仍然是每一个人必须遵守的最高规范。
秦惠王不是傻瓜。商鞅制定的一切法令，无非是为了加强中央集权，使秦国变得更强大，为什么要废除呢？他杀掉商鞅，不过是为了安抚一下广大贵族受伤的心灵，以便更好地沿用商鞅的治国之道。
秦国已经走上了改革发展的快车道，不可能再走回故步自封的老路上了。
永别了，商鞅，你已经完成了使命，接下来的工作，就让我们来完成吧！