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当NERV的训练基地因为内部竞争而变得热火朝天时，一场看不见的瘟疫，正在东京这座都市的脚下，悄然蔓延。
小野田博士投下的那管「菌巢之心」，在阴暗潮湿的下水道系统中找到了最完美的温床。
经过一段时间的发酵，淡黄色的菌丝网络已经彻底占据了包括东京丶京都在内的数个核心版块的地下水道系统。
它如同一张巨大的神经网络，将城市的地下动脉彻底包裹丶侵占，悄无声息地汲取着养分，积蓄着力量。
最初，生活在这座城市里的人们，只是从一些生活细节中，发现了一丝奇怪。
「奇怪，最近家里的下水道怎麽老是堵？」一位家庭主妇在厨房里，一边用疏通剂费力地处理着水槽，一边向丈夫抱怨，「通过一次，没两天又堵上了，水流下去的速度越来越慢。」
「是吗？我们公司厕所也是，物业都来修了好几次了，说是管道里长了些奇怪的滑腻腻的东西，怎麽也清理不乾净。」她的丈夫看着报纸，随口应和道。
地铁站内，一名清洁工正费力地擦拭着站台边缘的地面。「真是见鬼了，这几天地面怎麽这麽潮，拖了一遍又一遍，总感觉黏糊糊的，空气里还有股……说不出来的土腥味。」他对着同事抱怨道。
市政厅的电话都快被打爆了，一名工作人员看着屏幕上急剧上升的报修工单，焦头烂额：「整个东京的排水系统流速下降了近40%！派出去的检修队也查不出原因，管道里什麽都没有，就是水流得慢！」
社交媒体上，也开始出现一些零星的帖子。
「【求助】有没有人知道，为什麽我家猫最近老是冲着厕所的地漏哈气？跟见了鬼一样！」
「楼上+1，我家的狗也是，半夜老是冲着墙角狂叫，以前从来没有过。」
「你们有没有觉得，最近街上流浪猫狗的数量好像少了很多？」
这些零散的丶看似毫无关联的异常现象，并没有引起人们足够的警惕。
对于一个拥有数千万人口的超级都市而言，这些都只是再平常不过的「城市病」。
直到半个月后的一天，这份被忽略的异常，终于以一种最直观的方式，呈现在了所有人的面前。
傍晚，东京的一栋高级公寓楼内。
一名年轻的白领结束了一天的工作，正准备洗个热水澡。
当他走进浴室，打开花洒的瞬间，喷涌而出的，并非清澈的热水，而是一股混杂着黄色粘液的丶散发着浓烈甜腥味的浑浊液体！
「什麽东西？！」他被这突如其来的一幕吓得连连后退。
而更恐怖的事情发生了。
从花洒的喷头里，从洗手池的下水口，甚至是从马桶里，一团团拳头大小丶表面覆盖着粘液的菌丝球，开始向外涌出。
这些菌丝球在接触到空气后，便迅速膨胀丶变形，长出了畸形的四肢，顶部则裂开，形成一张布满了细密利齿的口器。
一只只体型如同小型犬丶形态酷似变异蘑菇的「孢子兽」，就这样，从城市的每一个角落钻了出来！
「啊——！！！」
凄厉的惨叫声，划破了公寓楼的宁静。
紧接着，相似的场景，在各个角落同步上演。
街边的井盖被一股力量顶开，成群结队的孢子兽从中蜂拥而出，攻击着路边的行人与车辆。
商场的消防喷淋系统突然启动，喷出的却不是水，而是无数细小的孢子，让整个商场的人都开始剧烈地咳嗽丶皮肤红肿。
一场突如其来的生化危机，就这样，在霓虹最繁华的地方，彻底爆发了。
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「嘀嘀嘀——！最高级别生物灾害警报！」
TPC远东总部，指挥室内的红色警报灯疯狂闪烁。
巨大的主屏幕上，被分割成了数十个画面，每一个画面里，都是A-03区那如同人间炼狱般的惨状。
「这……这是什麽东西？！」吉冈参谋看着屏幕上那些体型不大丶但数量多到令人头皮发麻的孢子兽，脸色铁青。
「中心商业街，确认出现大量未知小型怪兽！」
「第五大道公寓楼，求救信号密集，报告称怪兽从下水道涌出！」
「银座地铁站，出口被不明菌丝体堵塞，大量民众被困！」
「通讯网络大面积瘫痪！求救电话数量在五分钟内突破三万起！」
一道道紧急报告，如同雪花般涌入指挥中心。
「所有作战人员！全员紧急出动！」居间惠队长当机立断，她看着屏幕上那些体型不大，却数量惊人的「蘑菇怪」，立刻下达了最精准的指令，「全员换装陆战装备，进行地面清剿！以两人为一组，进入灾区，优先疏散民众，建立安全区，然后逐步清除目标！」
「明白！」
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