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朱棣即位不久，曾自我标榜说：“人心诚不可有好乐，一有好乐泥而不返，则欲必胜理。若心能静虚，事来则应，事去则如明镜止水，自然纯是天理。朕每朝退默坐，未尝不思管束此心为切要，又思为人君，但于宫室车马服食玩好无所增加，则天下自然无事。”朱棣虽然称不上是个荒淫无度的皇帝，但也绝不是真的清心寡欲，朱棣刚一即位，便下令“求民间识字妇女入内职”。
永乐元年，又命礼部访求在京官员军民之家女子年十五至二十容止端正、性情闲淑者备王妃之选。他曾命女官蔡氏到杭州选识字妇女入宫，闹得民间骚动。当时有人作诗说：“已云玉闰归马足，更妆金屋贮娥眉。”“临别亲邻莫惆怅，从来生女作门楣。”朱棣平时吃饭要有宫女伴唱，晚年因为身体有病，朝参也要有宫女陪伴搀扶，这在整个明朝都是很特殊的。
朱棣一共有四个儿子，长子朱高炽便是后来的仁宗皇帝。朱高炽虽为长子，又仁贤，却不为朱棣喜欢。他很胖，因而很笨，走路要人搀扶，还不免失足，当然难以带兵出去打仗了。
朱棣最喜欢老二朱高煦。朱高煦被封为汉王，他从小不肯读书，为人凶悍，靖难之役中屡立战功，几次救朱棣转危为安。朱棣想立他为太子，却遭到大臣们的反对。大学士解缙的死，黄淮的下狱，就与他们跟朱高炽的关系有牵连。幸亏朱高炽有位聪明伶俐的儿子朱瞻基，很为朱棣所爱，朱高炽的太子地位才得以保住。朱棣死后一年多，朱高煦便起兵造反，想夺取皇位，这时是朱瞻基在位，亲自率兵东征，兵临城下，高煦不战而屈，最后仍未免一死。朱棣的三子朱高燧，封为赵王。四子朱高爔，未封而殇。
朱棣的母亲是谁自明朝以来便众说纷纭。按宗法制说，谁与朱元璋最亲，谁便有资格做皇帝。于是朱棣反复宣称自己“乃父皇太祖高皇帝亲子，母后孝慈高皇后亲生，皇太子亲弟，居众王之上。”这一招确实在他夺取皇位中起了大作用。但人们还是渐渐发现各种官私记载与朱棣所说大不相同，这些记载之间又互不相同。
有的说朱棣是马皇后所生，太子与秦王、晋王也是马皇后所生，四兄弟为同父同母的亲兄弟。还有说朱棣是元顺帝妃洪吉喇氏所生的，或说是元顺帝妃瓮氏所生的，或是说元顺帝的高丽妃所生的。
永乐二十二年(1424年)明成祖带兵出塞进行他的最后一次北征，但师抵漠北，不见敌人踪影，原来阿鲁台早已带着部属远逃了。一天，他对身边的杨荣、金幼孜说：“昨夜三更我做了个梦，有个像画中神人模样的告诉我：‘上帝好生。’难道上天有意保护他们这些蒙古人吗”行军途中，朱棣见往年用兵时死于塞外的白骨委弃路旁，不禁心怀恻然，命人收拾道中遗骸，亲写祭文，加以悼念。大军继进，仍不见敌，这时军中已经乏粮了。杨荣请求将皇帝供用之余都给予军士，又让军士互相接济借贷，等回到关内官府加倍偿还。但北征军仍久久不见敌踪。朱棣这时不能不感到后顾之忧，也感到疲乏了。他说：“北地早寒，一旦有风雪之变，归途尚远，不可不虑。”于是决定就此回师。
七月十七日庚寅，大军行至榆木川，朱棣竟然积劳病倒，骤然去世，时年六十五岁。一代雄主就这样退出了历史舞台。
这时六师在外，京师无主，朱棣的左右商定绝对不泄露朱棣逝世的消息。内臣马云与大学士杨荣、金幼孜商议，将军中的锡器收集起来熔成一榇(棺)，将朱棣收殓了，然后将锡匠杀死。这样人不知鬼不觉，将榇放在龙塌之上，每天早晚照常上膳。大军继续朝京师进发，同时派人密报太子。
太子朱高炽不久即位，这便是仁宗。朱棣被安葬在天寿山长陵，与徐氏合葬，尊谥称“启天弘道高明广运圣武神功纯仁孝文皇帝”，庙号太宗。嘉靖年间，嘉靖皇帝闹大礼，要尊本生父母，于是修改朱棣谥号为“启天宏道高明肇运圣武神功纯仁至孝文皇帝”，庙号则称成祖了。
明成祖朱棣是一个很了不起的皇帝，不用说在明史上，就是在整个中国历史上，也应该占有重要的一席。然而朱棣果真是个圣主贤君吗这是个颇费思索的问题。如果要从官书的记载中找一些材料证明他的贤明，那是很容易的，比如他关心民生，勤于政事，永乐元年他曾说：
朕即位未久，曾恐民有失所，每宫中秉烛夜坐，披阅州郡民籍，静思熟记，何郡近罹饥荒，当加优恤，何处地迫边鄙，当置守备，旦则出与群臣计议行之。近河南数处蝗旱，朕用不宁，故遣使省视，不绝于道。如得斯民小康，朕之愿也。
比如他安不志危，勤读不怠。永乐九年二月癸卯，朱棣在右顺门披览奏章，御案上镇纸金狮欹侧将坠，给事中耿通赶紧移置案中。朱棣就此做了一番说教：
一器之微，置于危处则危，置于安处则安。天下，大器也，独可置于危乎尤须安之。天下虽安，不可忘危，故小事必