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到底，当下又写了四张禀帖，分呈四位顾命大臣，同时又中写了数百张招纸，揭露其事，在北京城中到处张贴。他这一着却大是行险，倘若官府追究起来，说他危言耸听，扰乱人心，不免有杀头的重罪。
那四个顾命大臣，名叫索尼，苏克萨哈，遏必隆，鳌拜，均是满洲的开国功臣。顺治皇帝逝世之时，遗诏命这四大臣铺政。其中鳌拜最为凶横，朝中党羽极众，清廷大权，几乎尽操于他一人之手。他生怕敌党他不利，是以派出无数探子，在京城内外打探动静。这日得到密报，说道北京城中出现许多招贴，揭发浙江姓庄百姓著书谋叛，大逆不道，浙江官员受贿，置之不理等情。
鳌拜得悉之下，立即查究，登时雷厉风行的办了起来。便在此时，吴之荣的禀帖也已递入鳌拜府中。他当即召见吴之荣，详问其事，再命手下汉人细阅吴之荣所呈缴的那部原版明史，所言果是实情。
鳌拜以军功而封公爵，做大官，向来歧视汉人和读书人，掌握大权后便想办几件大案，镇慑人心，不但使汉人不敢兴反叛之念，也令朝中敌党不敢有甚矣诏，当即派出钦差，赴浙江查究。这一来，庄家全家固然逮入京中，连杭州将军松魁，浙江巡抚朱昌柞以下所有大小官员，也都革职查办。在明史上列名的之士，无一不锒铛入狱。
顾炎武，黄宗羲二人在吕流落家中，将此案的来龙去脉，详细道来，吕来龙听得只是叹惜。当晚三人联榻长谈。议论世事，说道明末魏忠贤等太监陷害忠良，把持朝政，种种倒行逆施众至明室覆亡，入清后汉人惨遭屠戮，祸难方深，无不扼腕切齿。
次日一早，吕来龙全家和顾黄二人登舟东行。江南中常以上人家，家中都自备有船，江南水乡，河道四通八达，密如蛛网，一般人出行都是坐船，所谓“北人乘马，南人乘舟”，自古已然。
到得杭州以后，自运河折而向北，这晚在杭州听到消息，清廷已因此案处决了不少百姓官员，庄廷珑已死，开棺戳尸，庄允城在狱中不堪虐待而死，庄家全家数十口，十五岁以上的尽数处斩，妻女发配沈阳，给满洲骑兵为奴。前礼部侍郎李令皙为该书作序，凌迟处死，四子处斩。李令皙的幼子刚十六岁，法司见杀得人多，心肠软了，命他减供一岁，按照清律，十五岁以下者得免死充军。那少年道：“我爹爹哥哥都死了，我也不愿独生。”终于不肯易供，一并处斩。松魁，朱昌柞入狱候审，幕客程维藩凌迟弃市。归安，乌程的两名学官处斩。因此案牵连，冤枉而死的人亦死不计其数。湖洲知府谭希闵到任还只半月，朝廷说他知情不报，受贿隐匿，和推官李焕，训导王兆祯同处绞刑。
吴之荣对南浔富人朱佑明心下怀恨最深，那日去打秋风，给他抢白了一场，逐出门来，当下向办理此案的法司声称，该书注明依据“朱氏原稿增删润饰而成”，这朱氏便是朱佑明了，又说他的名字”朱佑明“，显是心存前明，诅咒本朝。这样一来，朱佑明和他的五个儿子同处斩首，朱家的十余万财产，清廷下令都赏给吴之荣。
最惭的是，所有雕版的刻工，印书的印工，装订的钉工，以及书贾，书铺的主人，卖书的店员，买书的读者，查明后尽皆处斩。据史载，其时苏州浒墅关有一个榷货主事李尚白，喜读史书，听说苏州阊门书坊中有一部新刊的明史，内容很好，派一个工役去买。工役到时，书店主人外出，那工役便在书铺隔壁一家姓朱的老者家中坐着等候，等到店主回来，将书买回。李尚白读了几卷，也不以为意。过了几个月，案子发作，一直查究到各处贩书买书之人。其时李尚白在北京公干，以购逆书之罪，在北京立即斩决。书店主人和奉命买书的工役斩首。连那隔壁姓朱老者也受牵连，说他即知那人来购逆书，何以不即举报，还让他在家中闲坐？本因斩首，姑念年逾七十，免死，和妻子充军边远之处。
至于江南名士，因庄廷珑慕其大名，在书中列名参校者，同日凌迟处死，计有茅元锡等十四人。所谓凌迟处死，乃是一刀一刀，将其全身肢体肌肉慢慢切割下来，直到犯人受尽痛苦，方才处死。因这一部书而家破人亡的，当真难以计数。
吕留良等三人得到消息，愤恨难当，切齿痛骂。黄宗羲道：“伊璜先生列名参校，这一会也怕难逃此劫。”
他三人和查伊璜向来交好，都十分挂念。
这一日舟至嘉兴，顾炎武在城中买了一份邸报，上面详列明史一案中获罪诸人的姓名。却见上谕中有一句说：“查继佐，范骧，陆坼三人，虽列名参校，然事先未见其书，免罪不究。”顾炎武将邸报拿到舟中，和黄宗羲，吕留良三人同阅，啧啧称奇。
黄宗羲道：“此事必是大力将军所为。“吕留良道：“大力将军是谁？到要请教。“黄宗羲道：“两年之前，兄弟到伊璜先生家中作客，但见他府第焕然一新，庭院宽大，陈设富丽，与先前大不相同。府中更养了一班昆曲戏